Счетная палата создана на основании решения Новгородской областной Думы для развития и совершенствования контрольной работы в области, проведения широкого и глубокого внешнего аудита бюджета.
Официальной датой создания Счетной палаты Новгородской области является 5 июня 2003 года, когда был принят областной закон «О Счетной палате Новгородской области». Фактически свою деятельность Счетная палата начала с 1 января 2004 года.
С целью экономии бюджетных средств и предупреждения дублирования в работе в состав Счетной палаты влито контрольно-ревизионное управление области. Отличительной особенностью деятельности Счетной палаты перед контрольно — ревизионным управлением области является организация не только последующего, но и проведение предварительного и текущего контроля за исполнением бюджета.
Исключительная роль в становлении Счетной палаты принадлежит руководству области, областной Думе, которые с первых дней ее создания проявляли и проявляют заботу о повышении результативности контрольной деятельности, материальном обеспечении Счетной палаты области, укреплении ее правового статуса. Большое практическое значение имело принятие областного закона «О бюджетном процессе в Новгородской области», в котором были уточнены и приведены в соответствие с Бюджетным кодексом Российской Федерации задачи и полномочия Счетной палаты.
Счетная палата области обладает организационной и функциональной независимостью и в своей деятельности руководствуется Конституцией Российской Федерации, законодательством Российской Федерации, Уставом Новгородской области, нормативными правовыми актами области и настоящим областным законом. Счетная палата является юридическим лицом, имеет бланк и печать с изображением герба Новгородской области и со своим наименованием.